Uciekający student Ninja Hayate

Hayate Shinobu nie jest zwykłym uczniem trzeciej klasy; jest zbiegłym ninja, który przenosi szkoły, aby uciec przed ścigającymi go.
Jeśli zostanie złapany, czeka go tylko śmierć.

Z drugiej strony, dla prześladowców jedynym sposobem na zrekompensowanie niepowodzenia w ich misji jest również śmierć.
Wychowawca Hayate jest również ninja i zdecydował się zabić Hayate, aby chronić kodeks ninja, pomimo sprzeciwu Kuratorium Oświaty i własnej udręki z powodu tej myśli.

Hayate musi przezwyciężyć wiele trudności w dążeniu do bycia zwykłym uczniem szkoły podstawowej.