Ta manga przedstawia Ryouga, chłopca o nadludzkiej sile, który pragnie odnaleźć swojego zaginionego ojca. Jedyną wskazówką, jaką ma Ryouga, jest tajemnicza postać w chmurach zwana „Arkadami”, która obiecała zabrać go do ojca, gdy tylko stanie się wystarczająco silny. Do Ryougi dołącza Miruto, dziewczyna pracująca dla organizacji zajmującej się tropieniem złoczyńców, którzy używają Pokemonów do swoich złych zamiarów, oraz Yappy, dziennikarz, który ma na celu ujawnienie całego zła na świecie. Fabuła koncentruje się wokół „Burst”, zdolności używania kryształów z przechowywanymi w nich Pokémonami do przekształcania się w hybrydy człowieka i Pokémona. Wybuch Ryougi to Zekrom, ten sam, którego używał jego ojciec w przeszłości.
