Pokój mógł zostać przywrócony w Hoenn po tym, jak złe plany Zespołu Aqua, Zespołu Magmy, a później Kryjówki Przestępców zostały powstrzymane. Jednak gdy zbliżał się nowy kryzys, Steve Stone nie miał innego wyjścia, jak tylko ponownie skorzystać z pomocy Ruby, Sapphire i Emerald. Co sprawiło, że młodzi trenerzy musieli sięgnąć po tajemnicze moce Mega Ewolucji? Czy kryzys był w jakikolwiek sposób związany z dziwnymi symbolami „omega” i „alfa” na nigdy wcześniej nie widzianym malowidle ściennym przedstawiającym Groudona i Kyogre'a w Granitowej Jaskini? Joseph Stone, ojciec Stevena i prezes Devon Corporation, być może wpadł na coś ważnego, gdy zauważył na obrazie niepozorny napis „delta”…
