Czy (Yuuki Homura)

W niedalekiej przyszłości japoński naukowiec konstruuje napędzany egzoszkielet o nazwie „Infinite Stratos” (IS). Dysponując technologią i możliwościami bojowymi znacznie bardziej zaawansowanymi niż jakikolwiek inny system uzbrojenia, Państwo Islamskie grozi destabilizacją świata. Mając do czynienia z tak potężną bronią, narody świata uchwalają „traktat z Alaski”, który stanowi, że Państwo Islamskie nigdy nie zostanie użyte do walki wojskowej i że istniejąca technologia IS musi zostać równo rozdzielona między wszystkie narody, aby zapobiec dominacji jednego narodu nad inni. Wprowadzenie IS ma jednak duży wpływ na społeczeństwo. Ponieważ IS może być zarządzane tylko przez kobiety, równowaga sił między mężczyznami i kobietami zostaje zachwiana, a kobiety zaczynają dominować w społeczeństwie nad mężczyznami.
Dziesięć lat po wprowadzeniu pierwszych IS świat wkroczył w nową erę pokoju. Spokój zostaje jednak zakłócony przez nieoczekiwane odkrycie. Odkryto, że 15-letni japoński chłopiec, Ichika Orimura, jest w stanie obsługiwać IS. Zdając sobie sprawę z potencjału, Ichika zostaje zmuszony przez japoński rząd do uczęszczania do prestiżowej Akademii Infinite Stratos, międzynarodowej akademii, w której szkolą się piloci IS z całego świata. Tak zaczyna się jego intensywne szkolne życie w otoczeniu dziewcząt.