W AG 101 (101 rok kalendarza Advanced Generation) tajemnicza istota znana tylko jako „UE” lub „nieznany wróg” atakuje i niszczy kosmiczną kolonię Angel. Ten brutalny atak stał się niesławny jako „Dzień, w którym upadł anioł” i wyznacza początek wojny ludzkości o przetrwanie. Seria rozpoczyna się w AG 108, kiedy UE atakuje kosmiczną kolonię Ovan, w której teraz mieszka Flit Asuno po ucieczce z kolonii Angel przed jej zniszczeniem. Matka Flita na krótko przed zabiciem jej przez UE daje swojemu synowi przedmiot o nazwie „AGE Device”. Odkrywa w nim plany potężnej broni z przeszłości — starożytnego mesjasza o imieniu „Gundam”.
Na podstawie tych planów Flit spędza kilka następnych lat studiując inżynierię w bazie Federacji Ziemi na kosmicznej kolonii Nora i projektując Gundam AGE-1. Siedem lat później, w AG 115, Flit kończy Gundam AGE-1 Normal, tak jak UE atakuje Norę i wykorzystuje go, by pomóc załodze pancernika Federacji „Diva” w ewakuacji mieszkańców kolonii, zanim zostanie ona zniszczona. Zdeterminowany, by doprowadzić UE do bitwy za dwukrotne zniszczenie jego domu, Flit zgadza się służyć w mobilnym zespole kombinezonów Divy, pilotującym Gundama. Po uzyskaniu wystarczającej ilości danych i siły militarnej, aby ustalić kierunek działań, załoga Divy i jej sojusznicy przeprowadzają udany atak, który zniszczył tajną fortecę UE na asteroidzie Ambat. Tam dowiadują się, że UE są w rzeczywistości potomkami rzekomo nieudanej misji ludzkiej wysłanej w celu kolonizacji Marsa, pozostawionej na śmierć przez Federację Ziemi, która utworzyła własny naród na czerwonej planecie zwanej Veigan.
